昆岛国家公园的植物较为丰富多样，有高等植物160科640属1077种。昆岛国家公园的海洋生态系统也是多样而丰富的，拥有珊瑚礁、海草床、红树林等生态系统。各研究报告指出昆岛国家公园大约拥有 1725 种海洋生物。